Ein Hinweis auf die Bedeutung der Kochbanane auf der Insel findet sich bei Antonio Vásquez de Espinosa in seinem Werk Compendio y Descripción de las Indias Occidentales (1629), zitiert von Emilio Rodríguez Demorizi in Relaciones Geográficas de Santo Domingo (1970, Band I). Dort heißt es: „Die auf der Insel vorhandenen Früchte sind zahlreich; unter ihnen ragt die Kochbanane in ihren verschiedenen Arten hervor, die zu jeder Zeit und in jeder Notlage sehr hilfreich ist, da sie das ganze Jahr über verfügbar ist.“

Mofongo teilt seine Wurzeln mit anderen Gerichten aus Kochbanane in Lateinamerika und Afrika, wie Fufú aus grüner Kochbanane, Bolón de verde, Cabeza de gato, Cayeye, Bola de plátano, Banán-pilé oder Tacaco. All diese Gerichte basieren auf einem Püree aus gekochter oder frittierter Kochbanane, das mit Fett, Fleisch und Gemüse vermischt wird.

Was den Ursprung des Begriffs Mofongo betrifft, vermuten einige Forscher, dass er vom angolanischen Wort mufuengue stammt, das „große Menge von etwas“ bedeutet, oder von mufuongo, das in derselben Sprache auf das Zerdrücken oder Stampfen verweist. In Herencia Africana en la Gastronomía Dominicana (2002) weist Juan Nina darauf hin, dass die sprachliche Wurzel auch von den Kapverden stammen könnte, wo das Wort cofongo „Maiskugel“ bedeutet. Fest steht, dass Mofongo ein Erbe der afrikanischen Küche in der Karibik ist, was auch durch die Existenz von Fufú in Ghana bestätigt wird, einem sehr ähnlichen Gericht.

Mofongo ist ein traditionelles dominikanisches Gericht, dessen Grundlage grüne Kochbanane ist. Diese wird frittiert und zusammen mit Knoblauch, Salz und Brühe zerstampft. Hinzu kommen Schweinechicharrón, Hähnchen, Longaniza, Garnelen oder Krabben; heute gibt es sogar vegetarische Varianten. In der Dominikanischen Republik wird Mofongo sowohl zum Frühstück als auch zum Mittag- und Abendessen gegessen. Meistens wird er in kugelförmiger Form serviert, doch oft genießt man ihn auch in einem kleinen Holzmörser, so wie ihn die Afrikaner auf der Insel früher zubereiteten und aßen. Mofongo kann außerdem auch aus Yuca zubereitet und mit verschiedenen Fleischsorten serviert werden.

Sein Ursprung reicht bis in die Kolonialzeit zurück, als die Ernährung der Versklavten hauptsächlich aus grüner Kochbanane mit Fleisch bestand, besonders mit Schweinefleisch, das oft im eigenen Fett frittiert wurde, um Chicharrón zuzubereiten. Dieses Gericht ist in mehreren Ländern der Karibik und des Amazonasraums verbreitet, wo sich sowohl der Name als auch die Zubereitungsart unterscheiden. Das erklärt auch das starke Zugehörigkeitsgefühl, das viele Puerto-Ricaner gegenüber dem Mofongo empfinden.

In der Dominikanischen Republik hat sich die Stadt Moca als Hauptstadt des Mofongo etabliert und zieht dadurch gastronomischen Inlandstourismus an. Dort befinden sich bekannte Restaurants wie Mofongo Mi Terraza (gegründet 2008), Juan Pablo Mofongo (1999), Juan Mofongo, Mofongo Moca, Las 4F Restaurant und Mi Patio, unter vielen anderen. In diesen Lokalen wird Mofongo in zahlreichen Varianten serviert, wobei der Mofongo mit Schweinechicharrón zu den gefragtesten gehört, besonders bei Kindern und Jugendlichen. Die Beliebtheit dieses Gerichts ist so groß, dass es auf den Speisekarten der meisten Restaurants und Imbisse des Landes zu finden ist. Im Oktober 2022 wurde der Mofongo mocano vom Stadtrat offiziell zum „Gastronomischen Kulturerbe von Moca“ erklärt. Diese historische Entscheidung würdigte die Förderer dieses kreolischen Gerichts, das mit der charakteristischen Kochbanane aus Moca zubereitet wird.

Im Werk El Cocinero de Puerto Rico (1859) eines unbekannten Autors erscheint das erste bekannte Rezept unter dem Namen „Mofongo Criollo“. Dort heißt es: „Die grünen Kochbananen mit Zitrone reinigen, sie zusammen mit Kalbfleisch und Hähnchen kochen und anschließend mit Knoblauch, Oregano, mildem Chili, Speck und Schinken zerstampfen. Daraus wird eine Kugel geformt, die mit der Brühe von Kalbfleisch und Hähnchen gegessen wird.“ Dieses Buch, das als das älteste und vollständigste Werk der puertoricanischen Kochkunst gilt, enthält etwa 850 Rezepte, gegliedert in 25 Kapitel, mit lokalen und internationalen Zubereitungen, die dem kreolischen Stil angepasst wurden. Im selben Werk findet sich auch das Rezept für geröstete Kochbananen mit Knoblauch, ein sehr verbreitetes Gericht in traditionellen Küchen.

Das zweite schriftlich festgehaltene Rezept für Mofongo erscheint im Libro de Cocina Puertorriqueño (1948) von Elizabeth B. K. Dooley. Dort wird Mofongo mit in Schweineschmalz frittierten gelben Kochbananen zubereitet, die zusammen mit Knoblauch, Olivenöl und Chicharrón zerstampft und zu einer Kugel geformt werden. Später entwickelte sich das Rezept weiter zu Varianten mit grünen oder halbreifen Kochbananen, kombiniert mit Knoblauch, Speck, Brühe und Chicharrón.